Klorering används för att hygienisera biologiskt kontaminerat råvatten, som ofta innehåller organiskt material. I samband med kloreringsprocessen bildas klorsubstituerade organiska föreningar. Några av dessa anses cancerframkallande och skulle därmed kunna utgöra en hälsorisk vid konsumtion av klorerat dricksvatten. Kloroform har visat sig vara cancerogent vid höga doser hos möss och råttor. Då det ketaboliska mönstret hos djur är kvalitativt sett likt människans, kan dessa resultat i vissa fall indikera ett mänskligt cancerogen. Även de flesta epedemiologiska studier antyder en viss hälsorisk för människor.