Vattenutbytet för hela Björnöfjärdssystemet (uppdelat i sina tre delbassänger: Björnöfjärden, Säbyviken samt Torpe-Infjärden) har modellerats för 12-årsperioden 1993 till och med 2004 med CouBa -modellen. Drivningen har utformats som vattenstånds- och täthetsvariationer för den hydrauliska randen mot Nämdöfjärden, vinddriven vertikal omblandning samt sötvattentillrinning. Hypsografiska sund- och bassängdata har omformats till det format som modellen kräver, men har för övrigt inte modifierats t.ex. för den vassbeväxning som föreligger i sunden. Långtidsmedelvärdet för det utbytta volymflödet till hela Björnöfjärdsområdet har beräknats till 0,96 m3/s, vilket är i det närmaste identiskt med tidigare uppskattning baserad på massbalans för salt. Den genomsnittliga uppehållstiden för vattnet (AvA) i Björnöfjärdssystemet har på samma sätt beräknats till cirka 4,5 månad för ytvattnet respektive 3 månader för bottenvattnet. I jämförelse med majoriteten av Östersjöns kustområden är detta att betrakta som ett mycket långsamt vattenutbyte, vilket förklaras av de morfologiska förhållandena med ett smalt och grunt sund mellan Björnöfjärdssystemet och den utanförliggande Nämdöfjärden.