De uppföljande undersökningarna genomfördes under 1998, ett år efter att muddringarna i Södertäljeområdet och tippningarna i Hallsfjärden slutförts. De förhöjda halter av tungmetaller som registrerades i vattnet Mälaren och Hallsfjärden under muddringsarbetena avklingade snabbt och endast måttligt förhöjda koncentrationer av kvicksilver (Hg) kunde detekteras. Hg-halterna i ytsediment ökade från 4,5 mg/kg TS till 6,2 mg/kg TS i norra Hallsfjärden vilket visar att den norrgående bottenströmmen transporterat Hg haltigt material från tipplatsen. Övertäckningen av de tippade muddermassorna med renare sand har givit ett ytskikt vid tipplatsen med betydligt lägre metallhalter jämfört med omgivande områden i Hallsfjärden. Den kraftiga påverkan på embryonalutvecklingen hos abborre exponerade för vattenfasen ovanför sediment från Hallsfjärden som registrerades vid tidigare undersökningar minskade. Fortfarande kvarstår dock effekter på reproduktionen hos abborre som lever och leker i Hallsfjärden, vilket framförallt registrerades som försämrad kläckning av rom samt signifikant förhöjd andel deformerade yngel. Sedimentbaserade flerarts system tester med naturligt förekommande arter visade att framförallt groddjurens utveckling påverkas av sediment från Hallsfjärden. Lakningsförsök med sediment från Hallsfjärden visade att prov från den norra och södra delen innehöll högst koncentration metaller som frigörs vid de syrefria förhållandena som uppstår under sommar och vinter.